Stringtieから出力されたGTFでLiftoffを使うには
Stringtieとは STARなどのRNA-seqをマッピングしたBAMファイルから、新規転写物やアイソフォームを調べるツール。 Liftoffとは ゲノムとGTFが揃っているゲノムから、他の...
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LIN（AdaLIN）レイヤーを作ってみた
前置き 最初にAdaIN（Adaptive Instance Normalization）[1]を説明します。これはStyle Transferで利用されるNormalization Layer...
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VCFから遺伝研のスパコンでBEAST2（系統樹推定）を動かすまで。
遺伝研のスパコンでBEAST2を動かしたい！ かなり適当ですが悪戦苦闘したら一応動きました。 （7/28、VCF変換を間違えていたため訂正） BEAST2とは？ なんかベイズとMCMCで祖先推定...
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WSLを使ってゲノムのマッピングから比較ゲノム解析をしてみよう
初めまして、ウェット研究室から来たものです。 今回は、自分の勉強を兼ねて今までのドライ解析の勉強のメモをさせてもらいます。 正確、かつ、まともな情報が欲しい方は、この記事のキーワードで調べながら...
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