Stringtieから出力されたGTFでLiftoffを使うには

Stringtieとは

STARなどのRNA-seqをマッピングしたBAMファイルから、新規転写物やアイソフォームを調べるツール。

Liftoffとは

ゲノムとGTFが揃っているゲノムから、他のゲノムにアノテーションを移すソフト。

問題

Stringtieで作ったGTFファイルではgeneというfeatureがなく、Liftoffに怒られる。

解決法

# AugustusのUtilで使える。そのほかにもgffreadなど。不要かも？
# LiftoffはそもそもGTFも読める

gtf2gff.pl <reference.gtf --out=reference.gff3

#geneのfeatureがないなら、transcriptとexonのfeatureを読ませればいいじゃない！

echo > liftoff_test.txt
echo transcript >> liftoff_test.txt
echo exon >> liftoff_test.txt

#Liftoff実行、「-f」optionで指定。「-p 」optionはスレッド数、お好みで。
liftoff -p 8 -o output.gff -f liftoff_test.txt   ./query.fasta reference.fa -g ./reference.gff3