一言で言えば「コスト」に尽きると思います。
Python における virtualenv
を使う利点は、プロジェクトに必要なモジュールが、他のプロジェクトに影響を与えない点です。
そのため、該当サーバーで他のプロジェクトを将来的にも走らせることがないのであれば、本番環境をそのままブチ込んで良いと思います。プロジェクトの専用サーバーだし、メンテナンスも数ステップ少ないぶん楽です。
問題は、そのプロジェクトが採算に合わない場合です。
「他のプロジェクトも入れないとサーバーのコストがもったいない」といった事態が発生し、仮想環境を導入しないといけなくなります。
「他のプロジェクトを入れないって言ったじゃないか」とは言えないので、泣く泣く仮想環境を作り、引越しをして、リバースプロクシを入れ ... といったハメになります。
その手間を考えると、最初から仮想環境で構築しておいた方がいいケースもあります。つまり「可能性があるなら、後輩や後任のために導入しておく」という役目でしかないと思います。個人の場合は「未来の自分のために導入しておく」という感じでしょうか。
逆に、他のプロジェクトがない間は手間というコストが増えることになります。もし「本当にプロジェクトが増えなかった」場合には疲れだけが残ることになります。
そのため、確信が持てない or 可能性が限りなく低い場合は「プロジェクトが増えた時に考える」という考え方も現実的だと思います。
そう言う意味で、本番環境に仮想環境を使うのは「コストとのバランス」だと思います。