.vimrc

  autocmd vimrc_loading VimEnter,ColorScheme * highlight Normal ctermbg=NONE
  autocmd vimrc_loading VimEnter,ColorScheme * highlight NonText ctermbg=NONE
  autocmd vimrc_loading VimEnter,ColorScheme * highlight TablineSel ctermbg=NONE
  autocmd vimrc_loading VimEnter,ColorScheme * highlight LineNr ctermbg=NONE
  autocmd vimrc_loading VimEnter,ColorScheme * highlight CursorLineNr ctermbg=NONE

こんな感じで必要そうな highlight 定義に ctermbg=NONE を設定していく。
TabLineSel を Normal/NonText と同じにするのは個人的な趣味で、編集部分とタブが繋がっているように見えて選択しているタブが分かりやすいような気がする。選択していないタブは TabLine、空白部分は TabLineFill で普通は TabLineFill を透過する需要が多い気がする。