はじめに
ひょんなことからとある大会でスライド発表してきました。
では、そちらをご紹介させていただきます。
※大会のスライドを少し省略しております。
※また、がちがちにキンチョーしていたので、こんなフランクには語っておりません。
・NCBIなどの公共データからダウンロードしたデータ。vsearchを利用して解析します。
・解析ツールを構築するためには様々なソフト、パッケージが必要なんです。大変!
・出来た!動いた! 共同研究者よ、君にもどうぞ!
・・・あれ動かない。。。
・Docker様の登場です。
・dockerイメージの説明です。いろんなイメージをダウンロードできるのです。おなじみのubuntuやpythonなどの公式イメージもありますよ。
・自分でも作れます!Dockerfileを作成し、ビルドするとDockerイメージになります。
・DockerfleはDockerhubにアップロードします。
・共同研究者や使用したい人がDockerイメージをダウンロードして各々で使用してもらえます!
・Galaxy
・Google colaboratory
・Rstudio.cloud
参考URL
・過去の記事リンク
RstudioCloudの使い方
Docker for Mac 勉強メモ〜インストール〜
Docker for Mac 勉強メモ〜コマンド集〜
超新人プログラマー(見習)がまず手にした本と参考にしたWEBサイト〜Docker編〜