Cygwin上のGitからWindowsのテキストエディタとWinMergeを利用したかったので調べてみました。
今回はホームディレクトリ上の.gitconfigを直接設定しています。

#テキストエディタの設定

今回はテキストエディタとしてEmEditorを利用していますので、下記のようにしてみました。
coreセクションにeditorの行を追加します。

引数で新規プロセスで起動するオプションと、文字化け対策として、UTF8でオープンするように指定しています。
Gitから渡されるCygwinのPATHではEmEditor側がオープン出来ないため、cygpathで変換しています。

[core]
autoCRLF = false
whitespace = cr-at-eol
editor = 'C:/Program Files/EmEditor/EmEditor.exe' /sp /cp 65001 "$(cygpath -w "$*")"

#WinMergeの設定

.gitconfigに下記を追加します。
こちらもcygpathを利用するのがポイントです。

[merge]
    tool = WinMerge

[mergetool "WinMerge"]
    cmd = '/cygdrive/c/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe' -u -wl -wr \"$(cygpath --windows --absolute \"$REMOTE\")\" \"$(cygpath --windows --absolute \"$MERGED\")\" \"$(cygpath --windows --absolute \"$LOCAL\")\"

[mergetool]
    trustExitCode = false

[diff]
    tool = WinMerge

[difftool "WinMerge"]
    cmd = '/cygdrive/c/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe' -u -r \"$(cygpath --windows --absolute \"$LOCAL\")\" \"$(cygpath --windows --absolute \"$REMOTE\")\"

[alias]
    diffdir = difftool -d

#謝辞
下記のサイトを参考にさせていただきました。
http://qiita.com/whitebell/items/4d92bf0af9f4ccca7276
http://hiro-syumi.ldblog.jp/archives/36344168.html
https://github.com/agross/dotfiles/blob/master/profiles/cygwin/git/gitconfig