#まず結論
API.get_status(ID,include_my_retweet=1)
と指定すると帰ってくるstatusオブジェクトにcurrent_user_retweet{u'id':xxx, u'id_str':u'xxx'}がくっついてくる。
そのIDがretweetIDであり、それをAPI.destroy_status(ID)に入れるとRTが取り消される仕組み。
使用例としてはこんな感じになる。

undo_retweet.py

status = api.get_status(ID, include_my_retweet=1)
if status.retweeted == True:
    api.destroy_status(status.current_user_retweet['id'])

#細かい概要
まずtweepyのAPIリファレンスを除くと下のような感じで表示されている。
このようにIDだけ指定するとcurrent_user_retweetは帰ってこない上にAPI.destroy_retweet(id)も存在しないためRTの取り消しができない。

一応retweet時に返されるstatusオブジェクトのIDがretweetIDなのだが、一度retweetしてしまうと手動で取り消してやって、さらにretweetIDをtxtファイルなんかに保存しないといけなくなる。これは非常にめんどくさい。
そこで調べてみた所下記の記事が見つかった
http://pg-kura.hatenablog.com/entry/20120328/1332949548

PHP(?)の記事らしいのだが、これがtweepyでそのまま使えるらしい。
要するにリファレンスを見るとidしか指定できないような感じだが実際はinclude_my_retweetも指定できるよということである。