sh -c
でヒアドキュメントを使用したコマンドを実行して実現できる。
docker-compose exec service_name sh -c "psql -U user_name -d db_name <<EOF
UPDATE table_name_1 SET hoge = 1 WHERE id = 1;
UPDATE table_name_2 SET fuga = 1 WHERE id = 2;
UPDATE table_name_3 SET piyo = 1 WHERE id = 3;
EOF"