必要な環境の構築

環境
Win10 pro 64bit
RAM 16 GB
jupyter notebook
python3

仮想環境を作成

Windows: 「スタート」 > 「すべてのプログラム」 > 「Anaconda3 (64-bit)」 > 「Anaconda Prompt」から実行
conda create -n bioinformatics biopython biopython=1.70

バイオインフォマティクス環境のアクティブ化
conda activate bioinformatics

リポジトリをソースコードに追加

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

コアになるソフトウェアパッケージを追加

conda install scipy matplotlib jupyter-notebooks pip pandas cython numba scikit-learn seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2

早々にjupyter-notebooks pysamが入らないでこける
→しょうがないので後で別に入れることにする
そもそも名前が違うらしいjupyter-notebooks→jupyter
修正したら動いた

conda install scipy matplotlib jupyter pip pandas cython numba scikit-learn seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2

pysamはpipでもこける
pysamのインストールにはLinuxもしくはmacOSが必要みたい、ガーン
PySAMバージョン2.2.0はWindowsの64ビットPythonバージョン3.5以降のPyPiで利用できるらしいので、これを入れてみる

pip install nrel-pysam

無事に突破

次はR環境を入れるのだが、本の記述が間違えているので、Dockerを覗きながら力業で解決してみる

conda install r r-ggplot2 r-irkernel r-essentials r-gridextra rstudio

後でggplot2のバージョンを直す羽目に

conda install r-ggplot2==2.2.1

ここでカーネルを切り替えようとしても切り替えられず
切り替えるためのソフトを追加

pip install environment_kernels

仮想環境の確認

conda info -e

とりあえず環境は大丈夫そう

なのでjupyter notebookの設定ファイルを作る
jupyter notebook --generate-config
anaconda3があるところに/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyができているので下記を追記
c.EnvironmentKernelSpecManager.conda_env_dirs = ['/Users/username/anaconda/envs/' ]
上の工程はいらないことが発覚

作成したカーネルを追加する

ipython kernel install --user --name=bioinformatics --display-name=bioinformatics

追加されたのか確認

jupyter kernelspec list

これで無事に切り替え完了
この後、一度Jupyter notebookをログアウトして、今作った環境からJupyter notebookを起動して再度スタート
↑ここで死ぬほどハマった(;'∀')