必要な環境の構築
環境
Win10 pro 64bit
RAM 16 GB
jupyter notebook
python3
仮想環境を作成
Windows: 「スタート」 > 「すべてのプログラム」 > 「Anaconda3 (64-bit)」 > 「Anaconda Prompt」から実行
conda create -n bioinformatics biopython biopython=1.70
バイオインフォマティクス環境のアクティブ化
conda activate bioinformatics
リポジトリをソースコードに追加
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
コアになるソフトウェアパッケージを追加
conda install scipy matplotlib jupyter-notebooks pip pandas cython numba scikit-learn seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2
早々にjupyter-notebooks pysamが入らないでこける
→しょうがないので後で別に入れることにする
そもそも名前が違うらしいjupyter-notebooks→jupyter
修正したら動いた
conda install scipy matplotlib jupyter pip pandas cython numba scikit-learn seaborn pysam pyvcf simuPOP dendropy rpy2
pysamはpipでもこける
pysamのインストールにはLinuxもしくはmacOSが必要みたい、ガーン
PySAMバージョン2.2.0はWindowsの64ビットPythonバージョン3.5以降のPyPiで利用できるらしいので、これを入れてみる
pip install nrel-pysam
無事に突破
次はR環境を入れるのだが、本の記述が間違えているので、Dockerを覗きながら力業で解決してみる
conda install r r-ggplot2 r-irkernel r-essentials r-gridextra rstudio
後でggplot2のバージョンを直す羽目に
conda install r-ggplot2==2.2.1
ここでカーネルを切り替えようとしても切り替えられず
切り替えるためのソフトを追加
pip install environment_kernels
仮想環境の確認
conda info -e
とりあえず環境は大丈夫そう
なのでjupyter notebookの設定ファイルを作る
jupyter notebook --generate-config
anaconda3があるところに/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyができているので下記を追記
c.EnvironmentKernelSpecManager.conda_env_dirs = ['/Users/username/anaconda/envs/' ]
上の工程はいらないことが発覚
作成したカーネルを追加する
ipython kernel install --user --name=bioinformatics --display-name=bioinformatics
追加されたのか確認
jupyter kernelspec list
これで無事に切り替え完了
この後、一度Jupyter notebookをログアウトして、今作った環境からJupyter notebookを起動して再度スタート
↑ここで死ぬほどハマった(;'∀')