例:
Qiita というアプリケーションは、 xxx.qiita というプロジェクトファイルを保存します。
しかし、*.qiita という拡張子は登録されておらず、Qiitaにも関連付けられていません。
*.qiita というファイルを Qiita で開けるように設定します。

拡張子の確認
まずは mimetype コマンドで拡張子が登録されていないことを確認します。
$ mimetype article.qiita
article.qiita: application/gzip
登録されていない場合、 text/plain や application/gzip などと認識されます。
拡張子を定義
$ sudo vi /usr/share/mime/packages/freedesktop.org.xml
周りの項目を見ながらxmlを書きます。コメントとかは多分適当で大丈夫です。
<mime-type type="application/qiita">
<comment>Qiita file</comment>
<comment xml:lang="ja">Qiita ファイル</comment>
<acronym>Qiita</acronym>
<expanded-acronym>Qiita file</expanded-acronym>
<glob pattern="*.qiita"/>
</mime-type>
mime databaseを更新します。
$ sudo update-mime-database /usr/share/mime
確認
$ mimetype article.qiita
article.qiita: application/qiita
アプリケーションに拡張子を関連付け
「Qiita」というアプリは「application/qiita」に対応してますよー、的な設定をします。
該当のdesktopファイルのMimeTypeに加筆します。なければ行を足してください。
$ sudo vi /usr/share/applications/qiita.desktop
...
MimeType=xxx/xxx;xxx/xxx;application/qiita;
...
再読込
$ update-desktop-database
*.qiita ファイルを Qiita で開けるようになっているはずです。