例:

Qiita というアプリケーションは、 xxx.qiita というプロジェクトファイルを保存します。

しかし、*.qiita という拡張子は登録されておらず、Qiitaにも関連付けられていません。
*.qiita というファイルを Qiita で開けるように設定します。

拡張子の確認

まずは mimetype コマンドで拡張子が登録されていないことを確認します。

$ mimetype article.qiita 
article.qiita: application/gzip

登録されていない場合、 text/plain や application/gzip などと認識されます。

拡張子を定義

$ sudo vi /usr/share/mime/packages/freedesktop.org.xml

周りの項目を見ながらxmlを書きます。コメントとかは多分適当で大丈夫です。

  <mime-type type="application/qiita">
    <comment>Qiita file</comment>
    <comment xml:lang="ja">Qiita ファイル</comment>
    <acronym>Qiita</acronym>
    <expanded-acronym>Qiita file</expanded-acronym>
    <glob pattern="*.qiita"/>
  </mime-type>

mime databaseを更新します。

$ sudo update-mime-database /usr/share/mime

確認

$ mimetype article.qiita 
article.qiita: application/qiita

アプリケーションに拡張子を関連付け

「Qiita」というアプリは「application/qiita」に対応してますよー、的な設定をします。

該当のdesktopファイルのMimeTypeに加筆します。なければ行を足してください。

$ sudo vi /usr/share/applications/qiita.desktop

...
MimeType=xxx/xxx;xxx/xxx;application/qiita;
...

再読込

$ update-desktop-database

*.qiita ファイルを Qiita で開けるようになっているはずです。