前提条件

Atomを起動して、メニューバーのAtomを開き
Install Shell Commandsを選択する。これでダイアログが表示されOKをすとターミナルからatomコマンドが使えるようになる。

上記を実行すると何が起こったのか確認してみると、atomの起動シェルのエイリアスが/user/local/bin/atomにはられるようである。

> which atom
/usr/local/bin/atom
> ls -la /usr/local/bin/atom
/usr/local/bin/atom -> /Applications/Atom.app/Contents/Resources/app/atom.sh

最初に書いたオリジナルの方式　も残しておく

適当なエディタでbashの設定ファイルを開き

emacs ~/.bash_profile

下部に以下のようにAtomが起動するパスにatomというコマンドで起動するようにエイリアスを貼る

alias atom="/Applications/Atom.app/Contents/MacOS/Atom"

これから、カレントディレクトリを開きたい場合は、以下のようにしてやればAtomがカレントディレクトリを開いた状態で起動する

# atom ./