この記事の目的

私が大好きなRMarkdownについて、Tipsを集中的に連載しようという思いつきの企画です。あと自分の中で進めている別企画のメモという位置づけでもあります。なので大した中身はありません。

Markdown記法をベースに、チャンクという形でRのコードを記述して評価・出力することができるものです。RStudioのクイックリファレンスでは以下のように説明してあります:

R Markdown is an easy-to-write plain text format for creating dynamic documents and reports.

`self-contained`

R Markdownのデフォルトでは、出力された画像などは自動的にbase64でhtmlファイルに組み込まれます。単一ファイルで完結するので持ち運びや公開が便利です。

ですが、**すっごい量のテキストデータ(しかもhtml本体ではない)**になります。こうなると、あとからhtmlを確認しようとするときに大変です。苦痛です。面倒です。場合によっては解除したくなります。

これはpandocの--self-containedで実現しています。したがってpandocにこのスイッチを入れないようにすればいいです。R MarkdownでこれをOFFにするには、Rmdのyamlチャンク部分を編集してください:

---
title: "hogehoge"
output:
  html_document:
    self_contained: false
---


この場合、生成された出力などは作業ディレクトリ内にfig用ディレクトリが作成されて保存されます。htmlはすっきりしますが相対パスに気をつけるようにしてください。

Enjoy!