エンコードについてなのですが、shift-jisとUTF-8のどちらでプログラムを書けばよいのでしょうか？

基本困ったらUTF-8で良いです。shift-jisにしか対応できないクライアントというのもかなり珍しいので、その時に対応すれば良いでしょう。

ファイルを保存する際には毎回、フォルダーを作って、そのなかに.classと.javaを作ればよいのでしょうか？

ちょっとこれに関しては言ってる意味がよく分かりません。もうちょっと詳しく何に困っているのか
教えてください。

現在、VScodeでpowershellを開いて実行していますが、エクリプスを使ったほうがよいのでしょうか。

VScodeはただのテキストエディタですが、拡張性が高いのでほぼIDEと言っても良い代物です。
eclipseならpowershellを開く必要は無いですし、元々Java開発をメインに作られている
IDEなので、Javaをやる上では便利ではあると思います。

言ってしまえば好みの範疇です。