certbot certonly --apache -d サイト名 -d サイト名

上記をEC2上のサイト名のフォルダ上で、入力すると更新してくれました。

学んでから時間が経って、さらによく分からない泥沼に入り込みましたが、色々と参考になるサイトを参考にしてなんとかhttpsの更新ができました。