javascriptでURLスキームの利用したアプリ起動ができるのか

URL SCHEME というものが役に立つかもしれません。

これは特定のリンクを開くことで特定のアプリケーションを起動する機能です。

その形式は {scheme}://{action} であり、例えば私の後ろの例では googlechrome が対応する scheme であり、twitter.com/username がこの action になります。

もし貴方のウェブサイトが Safari 上でうまくレンダリングされない場合は、Chrome を使ってリンクを開くようにユーザーを導く必要があります。そうすると、ウェブサイト上で自動的に、またはボタンを設定してこのリンク googlechrome://twitter.com/username を開くことによって、ユーザーがインストールした Chrome で開くことになります。

残念ながら、ユーザーの携帯電話にそのブラウザがインストールされていない場合、これは無効です。

貴方が言及していたTwitterを開くことに関しては、iOS上ではユニバーサルリンクを用いて実現されていると私は知っています。これの利点は、特定のリンクを意図的に作成する必要がなく、通常のリンクを使えば良いという点です。ユーザーの携帯電話にそのアプリケーションがあれば、そのアプリケーションを使用して開き、インストールされていなければデフォルトでそのページを開きます。

上述の機能はすべてアプリによって実装が必要で、自社のアプリケーション内で開くことを望むか、他のアプリケーションを使用して開くことを望むかに関わらず、相手がこの行動をサポートしている必要があります。自社のアプリケーションについては、該当するAndroidおよびiOSの開発者にこの機能をサポートしているかどうかを尋ねることができます。他のアプリケーションに関しては、その機能をサポートしているかどうかを調査してテストする方法を通じて調べる必要があります。

お役に立てれば幸いです。