タイトルの通り、「ある列に特定の文字(文字列)が含まれている場合、それを行ごと削除したい」という願いを叶えるPythonスクリプトをご紹介します。

Pythonスクリプト

nonG.py


'''
    nonG.py
    purpose: delete G row in ALT column
'''

import os
import pandas as pd
import argparse
import sys


def main():

    # make parser
    parser = argparse.ArgumentParser()

    # add argument
    parser.add_argument('input')
    parser.add_argument('output')

    # analize arguments
    args = parser.parse_args()

    # set input filename and the number of vcf header
    inputfile = args.input
    print(inputfile)

    # if inputfile does not exist, print error message and program done
    if os.path.exists(inputfile) == False:
        print(inputfile+' does not exist. Please check file name.')
        sys.exit(1)

    # set output filename
    outputfile = args.output

    # if outputfile already exists, print error message and program done
    if os.path.exists(outputfile) == True:
        print(outputfile+' already exists. Please delete or rename.')
        sys.exit(1)

    # input tsv
    data = pd.read_csv(inputfile, delimiter='\t')

    # delete row contains G in ALT column
    data = data[~data['ALT'].str.contains('G')]

    # output data to outputfile
    data.to_csv(outputfile, index=False, mode='a', sep='\t')


if __name__ == '__main__':

    main()

テストデータには以下のようなinput.tsvファイルを用います。

このスクリプトを実行するにはターミナルで以下のようにタイプしてください。

$ python nonG.py input.tsv output.tsv

結果がoutput.tsvとして出力されます。

スクリプト詳細

最初の方はinput.tsvを読み込む作業をしているので無視して、本題のデータ操作を説明したいと思います。

 # delete row contains G in ALT column
data = data[~data['ALT'].str.contains('G')]

このたった1行で「'ALT'列にある、'G'を含む行を削除」しています。

data['ALT'].str.contains('G')

でdataの中の'ALT'列の中で、文字(文字列)'G'を含むものを抽出しています。そこに否定を意味する演算子 ~ をつけ、

~data['ALT'].str.contains('G')

とすることで、文字(文字列)'G'を含まないものを抽出することができます。このようにすることで、特定の文字を含む行を削除したデータテーブルを簡単に作成することができます。結果は以下のようになります。

'ALT'列から文字(文字列)'G'を含む行が削除されていることがわかります。