//ここで mynameに1と9を入れていると思うのですが。
For i = 1 To 16
myname(i) = Cells(i, 1).Value
Next i
VBA,Excel 詳しくないですが書いてみたのですが、どうですかね?
これが動くのであれば、原因が単純なのですが。
//ここはそのまま
Option Base 1
Sub 二次元配列→一次元配列6() 'sheet1(3)
Dim myname() As Variant
Dim i As Long
Dim two_arr As Variant, one_arr1, one_arr2 As Variant
//入力
For i = 1 To 16
if i < 9
myname(i) = Cells(i, 1).Value
Else
myname(i) = Cells((i % 9 +1), 2).Value
End If
Next i
//出力
For i = LBound(myname) To UBound(myname)
Cells(i + 4, 1) = myname(i)
Next i
End Sub