Go to Qiita Advent Calendar 2024 Top
LoginSignup
1
3

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?

More than 5 years have passed since last update.

@fararrow

Windows Server 2019でHyper-V上のUbuntu18.04にJupyterHub環境を構築

Posted at

タイトル通り，Windows Server 2019のHyper-Vで動かすUbuntu18.04にJupyterHub環境を構築した際の備忘録です．
Windows Server 2019でWSLやHyper-V上のUbuntu18.04にCUDA環境を構築しようとして断念
の，Hyper-V部分(Python環境構築)です．

Hyper-VでUbuntu18.04を動かすまでは
Windows Server 2019でHyper-V上にUbuntu18.04をインストール
↑こちら

はじめに

本来はDDA(Discrete Device Assignment)でHyper-V上のLinuxへGPU passthroughしたかったのですが，
Windows Server 2019でHyper-V上のUbuntu18.04にCUDA環境を構築(断念)
にある通り，無理でした．

まぁ何かしらアップデートされればいける気がするので，WSL同様にPython環境を構築していきます．
(同様にというかほぼ同じ手順です，一応どちらもUbuntu18.04なので当然ですが)

Anaconda3

WSLではせっかくGUI環境を作ったのでGUIで https://www.anaconda.com/ から落としましたが，今回は逆にCUIでいきます．

Anaconda3のインストール

2019年6月半ば時点では「2019.03」な「Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh」が最新なので，rootさんで入れる前提だと

$ cd ~/Downloads/
$ wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh
$ sudo su
# bash Anaconda3-2019.03-Linux-x86_64.sh

Welcome to Anaconda3 2019.03

In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>

Enterを押してLicense確認して

Please answer 'yes' or 'no':'
>>> yes

インストール先を聞かれるので

Anaconda3 will now be installed into this location:
/root/anaconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/root/anaconda3] >>> /usr/local/lib/anaconda3

として，

PREFIX=/usr/local/lib/anaconda3
installing: python-3.7.3-h0371630_0 ...
Python 3.7.3
installing: xxx ...

そこそこ待つと

installation finished.
Do you wish the installer to initialize Anaconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>

と聞かれる．
WSLでも書きましたが，公式のFrequently asked questionsに「We do not recommend adding Anaconda to the PATH manually.」とあるのにdefaultはno(笑)
今回もrootで入れているのでnoを選び，

PyCharmをオススメされてインストール完了．
[no] >>> no

You have chosen to not have conda modify your shell scripts at all.
To activate conda's base environment in your current shell session:

eval "$(/usr/local/lib/anaconda3/bin/conda shell.YOUR_SHELL_NAME hook)" 

To install conda's shell functions for easier access, first activate, then:

conda init

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Anaconda3!

===========================================================================

Anaconda and JetBrains are working together to bring you Anaconda-powered
environments tightly integrated in the PyCharm IDE.

PyCharm for Anaconda is available at:
https://www.anaconda.com/pycharm

パスを通す

WSLの時と同様に

``profile.d``へ通す作業…

echo 'export PATH="/usr/local/lib/anaconda3/bin:$PATH"' >> /etc/profile.d/anaconda.sh

>
とし，さらにrootがprofile.dを読んでくれるよう
>
```shell-session
# sudo visudo

で

#Defaults       env_reset
Defaults        env_keep += "PATH"
Defaults        mail_badpass
#Defaults       secure_path="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/snap/bin"
…と思ったけど，この手順だとanacondaのパスが複数回追加されることに気付いたし，セキュリティ上アレ． 今回は他に色々入れるわけでもないし，これでは/usr/sbinが読みに行けなくなるし，
``/etc/sudoers.d/``推奨
Please consider adding local content in /etc/sudoers.d/ instead of
# directly modifying this file.

とあるので，以下のように設定した．

通常のパス

↑のechoでも良いけど，複数回追加されるのをどうしても回避できなかったので，Anacondaさんが標準でinitializeする際に追加してくれるスクリプトを書くことにした．

$ sudo vi /etc/profile.d/anaconda.sh
/etc/profile.d/anaconda.sh
#export PATH="/usr/local/lib/anaconda3/bin:$PATH"

# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/usr/local/lib/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/usr/local/lib/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

最初の1行はただの元のechoのexportの残骸です．

sudoでのパス

前述の通り/etc/sudoersは触らずに/etc/sudoers.d/へ

$ sudo visudo -f /etc/sudoers.d/anaconda3

などと作成し，/etc/sudoersのsecure_pathに/usr/local/lib/anaconda3/binを追加したもので置き換えてあげる．

/etc/sudoers.d/anaconda3.tmp
Defaults       secure_path="/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/snap/bin:/usr/local/lib/anaconda3/bin"

とする．
(visudoだと.tmpを編集して構文チェックかけてから本体に保存するんですね．)
ちなみに/etc/sudoersのsecure_pathに+=的な事が出来ないかと調べましたが，無理そうです．

rootでのパス

↑でsudoはできるけどsudo suで通らないので.bashrcに追記．

$ sudo su
# cat /etc/profile.d/anaconda.sh >> ~/.bashrc

パスが通ったか確認

ここまで来たらログインし直して

$ conda --version
conda 4.6.11
$ sudo conda --version
conda 4.6.11
$ sudo su
# conda --version
conda 4.6.14

こんなノリでcondaが使える事を確認．

ちなみに一人で使うだけだったりユーザが各自で入れるのであればyesにして

``modified /home/(user_name)/.bashrc``
[no] >>> yes
WARNING: The conda.compat module is deprecated and will be removed in a future release.
no change     /usr/local/lib/anaconda3/condabin/conda
no change     /usr/local/lib/anaconda3/bin/conda
no change     /usr/local/lib/anaconda3/bin/conda-env
no change     /usr/local/lib/anaconda3/bin/activate
no change     /usr/local/lib/anaconda3/bin/deactivate
no change     /usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh
no change     /usr/local/lib/anaconda3/etc/fish/conf.d/conda.fish
no change     /usr/local/lib/anaconda3/shell/condabin/Conda.psm1
no change     /usr/local/lib/anaconda3/shell/condabin/conda-hook.ps1
no change     /usr/local/lib/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/xonsh/conda.xsh
no change     /usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.csh
modified      /home/(user_name)/.bashrc

==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup, 
   set the auto_activate_base parameter to false: 

conda config --set auto_activate_base false

Thank you for installing Anaconda3!

===========================================================================

Anaconda and JetBrains are working together to bring you Anaconda-powered
environments tightly integrated in the PyCharm IDE.

PyCharm for Anaconda is available at:
https://www.anaconda.com/pycharm
こんな感じで.bashrcをmodifiedしてもらった方が楽． この場合は``/usr/local/lib/``なので変な事になるけど，defaultの``/home/(user_name)/anaconda3``のようにユーザの配下で． なお， 
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/usr/local/lib/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
    eval "$__conda_setup"
else
    if [ -f "/usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
        . "/usr/local/lib/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
    else
        export PATH="/usr/local/lib/anaconda3/bin:$PATH"
    fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<

こんな感じの文言が追加される．
(はい，以上が寝ぼけてsudo bashした上にyesにしてしまった際のログです，結果的に↑でパス通す時に役立った笑)
そして，パスが2回追加される現象がどうしても回避できなくて調べている間に
zsh（やshやbash）でパス系環境変数の重複を除去する
優秀な後輩くんの記事とか発見した笑

JupyterHub環境の構築

WindowsでJupyterHubを使いたくて始めたことなのでここが本番．

JupyterHubのインストール

$ sudo conda install jupyterhub

途中でconda 4.6.11-py37_0 --> 4.6.14-py37_0とcondaのバージョン上げるねって言われたりしつつ，インストール完了後

$ sudo jupyterhub --no-ssl

と叩き，Firefoxとかで http://localhost:8000/ にアクセスして
jupyterhub_login.png
こんなログイン画面が出ればとりあえずOK．
一応ログインもしてみると，http://localhost:8000/user/(user_name)/treeというURLになり，ログインしたユーザのhomeが見えるはず．

JupyterHubの設定

homeからスタートするのは微妙な気がするので，

$ cd /usr/local/lib/anaconda3
$ sudo jupyterhub --generate-config
Writing default config to: jupyterhub_config.py

でdefaultのjupyterhub_config.pyを作り，

$ sudo vi jupyterhub_config.py

で編集．

jupyterhub_config.py
## Path to the notebook directory for the single-user server.
#
#  The user sees a file listing of this directory when the notebook interface is
#  started. The current interface does not easily allow browsing beyond the
#  subdirectories in this directory's tree.
#
#  `~` will be expanded to the home directory of the user, and {username} will be
#  replaced with the name of the user.
#
#  Note that this does *not* prevent users from accessing files outside of this
#  path! They can do so with many other means.
#c.Spawner.notebook_dir = ''

辺りを探して

jupyterhub_config.py
c.Spawner.notebook_dir = '~/notebooks'

とする．
当然，普通にadduserしただけではnotebooksなんてディレクトリは作られないので，

$ sudo mkdir /etc/skel/notebooks

で/etc/skel/にnotebooksディレクトリを用意しておく．
既存ユーザにも無いので，

$ mkdir ~/notebooks

既にいっぱいユーザが居るなら…頑張って作って回るか，スクリプト書く．

さらに，いかにもな8000番ポートは嫌なので，

jupyterhub_config.py
## The public facing port of the proxy.
# 
#  This is the port on which the proxy will listen. This is the only port through
#  which JupyterHub should be accessed by users.
# 
#  .. deprecated: 0.9
#      Use JupyterHub.bind_url
#c.JupyterHub.port = 8000

辺りを探して

jupyterhub_config.py
c.JupyterHub.port = [お好きなポート番号]

とする．ちなみにWSLで同じ設定をしているので，同時に走らせる事はないだろうけれど別のポートにした．
さらに，テストでログイン画面出した際にWarningが出ていた通りhttpsで通信したいので，WSLのときと同様にSSLの設定を

$ cd /usr/local/lib/anaconda3
$ sudo su
# mkdir cert
# chmod 600 cert
# cd cert
# openssl req -x509 -nodes -newkey rsa:2048 -keyout secret.key > jupyter.pem

とりあえずCommon NameにIPかドメイン(orマシン)名，後は適当に埋めるか空欄で

Country Name (2 letter code) [AU]:JP
Common Name (e.g. server FQDN or YOUR name) []:xxx.xxx.xxx.xxx

jupyter.pemとsecret.keyを作成．

再度jupyterhub_config.pyを編集して

jupyterhub_config.py
c.JupyterHub.ssl_cert = '/usr/local/lib/anaconda3/cert/jupyter.pem'
c.JupyterHub.ssl_key = '/usr/local/lib/anaconda3/cert/secret.key'

と設定．
今度はssl有り起動で

$ (cd /usr/local/lib/anaconda3 && sudo jupyterhub)

https://localhost:[お好きなポート番号]/ に繋がればOK．
うまく出来ていれば
jupyterhub_login_ssl_moz.png
のようにWarning無しのログイン画面になる．

JupyterHubの自動起動

辺りを参考に，systemdでJupyterHubが自動起動するように設定．
すんなりいかなかったけど，とりあえず以降の手順で動いた．

必要ライブラリのインストール

nodejsとconfigurable-http-proxyを入れる．

$ sudo apt install nodejs
$ sudo npm install -g configurable-http-proxy

configurable-http-proxyの方は

$ sudo npm install -g configurable-http-proxy
/usr/local/lib/anaconda3/bin/configurable-http-proxy -> /usr/local/lib/anaconda3/lib/node_modules/configurable-http-proxy/bin/configurable-http-proxy
- ms@2.1.1 node_modules/configurable-http-proxy/node_modules/logform/node_modules/ms
/usr/local/lib/anaconda3/lib
└─┬ configurable-http-proxy@4.1.0 
  ├─┬ http-proxy@1.17.0
  │ ├── eventemitter3@3.1.2 
  │ └─┬ follow-redirects@1.7.0 
  │   └── debug@3.2.6 
  └─┬ winston@3.2.1 
    ├── async@2.6.2 
    ├─┬ diagnostics@1.1.1
    │ └── colorspace@1.1.2 
    ├─┬ logform@2.1.2 
    │ ├── colors@1.3.3 
    │ └── ms@2.1.2 
    ├─┬ readable-stream@3.4.0 
    │ └── string_decoder@1.2.0 
    └─┬ winston-transport@4.3.0 
      └─┬ readable-stream@2.3.6 
        └── string_decoder@1.1.1

こんな実行結果が出る．

jupyterhub_config.pyの設定

続いて，

$ sudo vi /usr/local/lib/anaconda3/jupyterhub_config.py

でjupyterhub_config.pyを再度編集し，
configurable-http-proxyとjupyterhub-singleuserにパスを通す．

↓Use ConfigurableHTTPProxy.commandって書いてあるから従っておく．

jupyterhub_config.py
## DEPRECATED since version 0.8. Use ConfigurableHTTPProxy.command
#c.JupyterHub.proxy_cmd = []
c.ConfigurableHTTPProxy.command = '/usr/local/lib/anaconda3/bin/configurable-http-proxy'

↓なんで通らないのかわかってないけどとりあえずフルパスを

jupyterhub_config.py
#  python environment (with virtualenv/conda) than JupyterHub itself.
#
#  Some spawners allow shell-style expansion here, allowing you to use
#  environment variables. Most, including the default, do not. Consult the
#  documentation for your spawner to verify!
#c.Spawner.cmd = ['jupyterhub-singleuser']
c.Spawner.cmd = ['/usr/local/lib/anaconda3/bin/jupyterhub-singleuser']

サービスの登録

適当な名前.serviceを作成し，

$ sudo vi /lib/systemd/system/jupyterhub.service

root動作想定で入れたので

/lib/systemd/system/jupyterhub.service
[Unit]
Description=Jupyterhub

[Service]
User=root
ExecStart=/usr/local/lib/anaconda3/bin/jupyterhub
WorkingDirectory=/usr/local/lib/anaconda3

[Install]
WantedBy=multi-user.target

こんな感じに．
あとは

$ sudo systemctl enable jupyterhub
$ sudo systemctl start jupyterhub
$ sudo systemctl status jupyterhub

この辺りのコマンドで動作確認．
逐一statusを確認していくと

$ sudo systemctl status jupyterhub
● jupyterhub.service - Jupyterhub
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/jupyterhub.service; disabled; vendor pres
   Active: inactive (dead)
$ sudo systemctl enable jupyterhub
Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/jupyterhub.service → /lib/systemd/system/jupyterhub.service.
$ sudo systemctl status jupyterhub
● jupyterhub.service - Jupyterhub
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/jupyterhub.service; enabled; vendor prese
   Active: inactive (dead)
$ sudo systemctl start jupyterhub
$ sudo systemctl status jupyterhub
● jupyterhub.service - Jupyterhub
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/jupyterhub.service; enabled; vendor prese
   Active: active (running) since xxx ago
 Main PID: 61478 (jupyterhub)
    Tasks: 7 (limit: 19104)
   CGroup: /system.slice/jupyterhub.service
           ├─61478 /usr/local/lib/anaconda3/bin/python /usr/local/lib/anaconda3/
           └─61483 node /usr/local/lib/anaconda3/bin/configurable-http-proxy --i

こうなります．

1
3
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
Sign upLogin
1
3

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?