1. 長期的に: Markdownで幅広く再利用性を利かせたい、丁寧に版管理したいなら

Markdownで描くことのメリットは再利用性。
将来的に追記・編集、自分以外の誰かが手を入れる可能性が高い。
現在のドキュメントだけでなく多種説明資料、媒体に転用する可能性がある。

...という点で差分管理をしたいなら、以下。

VSCodeでPlantUML、Mermaid

上記参考で以下。

Alt+D でプレビュー起動。
Ctrl + Shift + P でコマンドパレットを起動し、出力。

png, svg, eps, pdf, vdx, xmi, scxml, html で出力可能。
シーケンス図も書けます。

PlantUMLはQiita記事にも使える

こんな感じで

```plantuml
Alice -> Bob: Authentication Request
Bob --> Alice: Authentication Response

Alice -> Bob: Another authentication Request
Alice <-- Bob: another authentication Response

トラブルシュート

あるいはTypora

その他 flowchart.js, Growi

2. 自分自身の操作性、描きやすさと、見た目なら

多分開発用途で、編集もせいぜい同じツールを使える開発メンバー。
設計資料だから開発チーム内でまあまあ便利に使えるのがベスト。

...という点なら、以下。

こちらもVSCodeで、Draw.io

デフォルトでは .drawio, .dio, .drawio.png, .drawio.svg などの拡張子のファイルを開けば、DrawioのUIで開いてくれる。

トラブルシュート

JavaScript mermaid.js

npm install mermaid --save-dev

<!DOCTYPE html>
<html lang="ja">
<head>
  <link rel="stylesheet" href="https://unpkg.com/mermaid/dist/mermaid.min.css">
</head>
<body>
<div class="mermaid">
  sequenceDiagram
    A->>B:起動
    B->>C:依頼
    C->>B:返答
    loop 
      B->>B:処理終了まで
    end
</div>

<script src="https://unpkg.com/mermaid/dist/mermaid.min.js" charset="UTF-8"></script>
<script>
  mermaid.initialize({
    startOnLoad:true
  });
</script>
</body>
</html>