PythonでHDF5 fileの読み込み&書き出し

この記事は備忘録です。

Python可視化の記事:
・応用編1
・基礎編

この記事でできること

・HDF5ファイルの読み込み、書き出し

使うライブラリー

この記事で使うライブラリーは以下になります。ひとまず以下のコードをコピペしてコードの上に貼っておけば問題ないです。

import matplotlib.pyplot as plt #実際にプロットする
import numpy as np #データの整理
import pandas as pd #データフレームのライブラリ
import h5py #HDF5のライブラリ

HDF5ファイルの読み出し&書き出し

#読み出し
filename = "your HDF5 file name" #ここに読み込みたいfile name
h5file = h5py.File(filename,"r")
read_value = h5file["dir_1/dir_2/dir_3/input"].value #ファイルの階層構造をここに書く

# 書き出し
h5file = h5py.File(filename,'w') #書き出しfilename
group = h5file.create_group('group1') #一番上の階層グループ
group.create_dataset('subgroup1', data=val1) #一つ下の階層
group.create_dataset('subgroup2', data=val2) #一つ下の階層
group.create_dataset('subgroup2', data=val3) #一つ下の階層
h5file.flush()
h5file.close()

CSV読み込み&書き出し

#読み込み
#headerあり
data = pd.read_csv("filename.csv",delimiter=',')
value = data['column_name'] #columnを取り出す
#value = np.array(value,dtype=np.float) #数値として取り出す時

#headerなし
data = pd.read_csv("filename.csv",delimiter=',',header=None)
col1 = data[1]
col2 = data[2]
#etc

#書き出し
output = pandas_dataframe #書き出したいdataを入れる
output.to_csv("output_filename.csv",header=False)#ある場合はheader=True