結論

yum updateとapt updateの挙動は違います。※upgradeも

違い

コマンド	yum (RedHat系：CentOSなど)	apt（Debian系：Ubuntuなど）
update	インストール済みのパッケージをアップデート	インストール可能なパッケージの「一覧」を更新パッケージ自体は更新されていない
upgrade	パッケージのアップデート(yum update) ＋不要になったパッケージの削除	パッケージ構成を変えない範囲でアップグレードする不要なパッケージの削除、カーネルの更新はしない「一覧」が古い（apt updateをしていない）と、古いパッケージを元に更新が実行される
full-upgrade	なし	パッケージ構成の変更に追随してアップグレード（yum upgradeと同じ？）

yumとaptの挙動は同じだと無意識に思っていた。
CentOSやUbuntuでupdateしたときに、挙動が違ったためメモ。