日本語での説明が無かったため、備忘録として綴っておきます。
詳しくはこちらに動画付きの説明があります。
要約すると、
###1. 書き出したいクリップの Fusion にて、ノードの最後に 「Saver」を追加し、
###2. 「Inspector」でファイルの保存先の指定「Browse」から、「.png」 としてファイル名を指定し、
###3. 「Inspector」上の「Export」の「save alpha to Color」のチェックを「外し」ます（これをしないと、色が無い画像で出力されてしまいます）
###4. 画面上部のタブ、「Fusion」から、「Render All Fusions」を選択することです。
以上になります。