日本語での説明が無かったため、備忘録として綴っておきます。

詳しくはこちらに動画付きの説明があります。

要約すると、

###1. 書き出したいクリップの Fusion にて、ノードの最後に「Saver」を追加し、

###2. 「Inspector」でファイルの保存先の指定「Browse」から、「.png」としてファイル名を指定し、

###3. 「Inspector」上の「Export」の「save alpha to Color」のチェックを「外し」ます（これをしないと、色が無い画像で出力されてしまいます）

###4. 画面上部のタブ、「Fusion」から、「Render All Fusions」を選択することです。

以上になります。