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文字列→塩基配列の相互変換ツールをつくってみた(PHP)

Last updated at Posted at 2019-03-25

#はじめに
以前この記事を書いたのですが、せっかくなんで何か公開しようと思い、これ💩これは世界一の臭いであるウンコードを出力します💩をみて思いつきで作ってみました。

#つくったもの
つくったものはこれ(http://adventam10.php.xdomain.jp/dna/index.php)
#機能

  • 入力した文字を塩基配列に変換してくれる
  • 塩基配列を文字に変換してくれる

左が入力文字、右が変換後です。上のラジオボタンでモードを選択します。

文字→塩基配列
2

塩基配列→文字
1

#仕組み
仕組みは単純で文字を一度4進数に変換し、その後それぞれの数字を塩基に置き換えているだけです。

💩これは世界一の臭いであるウンコードを出力します💩この記事を読んで、一度バイナリに変換したら全ての文字を2文字で表現できるのか!と思い作ってみました。

PHPで作っておりbin2hexで一度文字を16進数に変換し、その後4進数に変換しています。

16→4進数の変換はbase_convertでできるかと思ったのですが、大きな数値は変換できず「あいうえお」でさえ変換できなかったのでPHPマニュアルに書いてあったconvBaseでどうにか実現できました。

gmp_strvalを使えばできるというのもみたのですがXFREEサーバーへの導入方法がわからず(そもそも導入可能なのか?)convBaseで落ち着きました。

#さいごに
生命科学を履修した身としてどうにか活かせないかと苦悩し、今回この塩基配列変換ツールを作成しました。

この塩基配列変換ツールがどなたかの役に立つことを心より願っております。

当初はアミノ酸までしてやろうと思ったのですが、非可逆になってしまうので断念しました...

#参考

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