一般的には rbenv のルートディレクトリは ~/.rbenv ですが、 /usr/local/rbenv になっているようですね。 apt で rbenv をインストールしたのでしょうか。
~/.bash_profile で export RBENV_ROOT=$HOME/.rbenv
を設定することでルートを変えるのがベターだと思います。
/usr/local/rbenv を使い続けるなら chmod -R vagrant /usr/local/rbenv
で権限を変えるといいでしょう。
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