見当たらなかったので。

Ctrl+マウスホイールによる拡大/縮小は基本的人権の1つ¹である(要出典)が、Eclipseは対応していない。キーバインドのズームイン/アウトにマウスを割り当てることはできないようだ。
こんな暴虐が許されてなるものかと思ったのでサクッとググった。

解決方法

AutoHotkey で Ctrl+マウスホイールをCtrl+"+", Ctrl+"-"に割り当てれば良いようだ。
AutoHtokeyを導入した後、以下の.ahkファイルを作成し、スタートアップにでも登録しておく。

eclipse_zoom.ahk

; Ctrl+MouseWheel zooming in Eclipse.
; Only for 109 keyboard layout.
#IfWinActive ahk_exe eclipse.exe
    ^WheelUp:: Send ^+;
    ^WheelDown:: Send ^-
#IfWinActive

日本語キーボード(109レイアウト)なのでCtrl + Shift + ";"が拡大コマンドとなる。縮小はそのままCtrl + "-"で良い。
参考元のスクリプトではahk_classがSWT_Window0であることのみ判断しているので、SWTを利用しているアプリ上ではほとんど全て有効となってしまうようだ。Eclipse で開発されたアプリは引っかかる確率が高い²。(あと多分、インスタンスによってはSWT_Window1とかになる気がする)
したがって#IfWinActive ahk_exe eclipse.exeでEclipseのみを指定する。これはAutoHotkeyのVer1.1.1以降の対応であるため、旧バージョンからアップデートできない場合は参考元のスクリプトを参照して頂きたい。

なおAutoHotkeyのタスクトレイアイコンを右クリック>Window Spyあるいはインストールディレクトリ以下のWindowSpy.ahkをダブルクリックすることで、アクティブウィンドウのack_exeなどを取得できる。

参考

Eclipse IDE: How to zoom in on text?
Windows10へAutoHotkeyの導入（キーマップの変更）Qiita
AutoHotkey 公式ドキュメント - ウィンドウ指定の方法
 AutoHotkeyの使い方2

もちろんCtrl+"+", Ctrl+"-"による操作で十分という人も居るし、UI論的には二本指ズームに対応していない点で論外という主張もあるだろう ↩
社用PCではIBM Notesが引っかかった。まぁ当該アプリは拡大縮小そのものが存在しないので問題なかったが(良くねぇ) ↩

EclipseでCtrl + マウスホイールによる拡大縮小

解決方法

参考