概要

rmarkdownパッケージのpandoc_self_contained_html関数を使う。
あるhtmlファイル内で参照している外部jsファイルやcssファイルの内容を埋め込んだhtmlを新規作成して保存できる。
（試してないが参照している画像も埋め込まれるのではと思われる。）
全情報を一個のhtmlに詰め込んで、配布用にしたい場合に使う。
RNotebookでもこの仕組みを使っているように見える

キーワード：

standalone html、self-contained html

仕様

rmarkdown::pandoc_self_contained_html(input, output)：
inputは入力用htmlファイルのパス。
outputは出力先のパス。

仕組み：

pandocではmarkdownをhtmlに変換する際に --self-contained モードで変換するオプションがある。
rmarkdownパッケージではこれをそのまま使っているようだ。

仕組みの細かい話：

pandocで「html->html」のself-contained変換は恐らくできない。未対応。
一方で、「markdown -> html」の変換は可能。
htmlファイルをmarkdownファイルであるとみなして、pandocの「markdown_strinct -> html」への変換をかけると、実質的に「html->html」のself-contained変換ができる。