回答

しかし、わざわざ分かりづらいCUIの操作を身に付けるより、Gitのバージョン管理の仕組みや流れといった全体像を理解して、分かりやすくミスも少ないものをしっかり操作できる方が効率的で良いのではないかとも感じてしまいます...

激しく同意です。ミスが少なく、自分が分かっているやり方が一番です。

質問者さんがリストした物と

• 特定のコミットまで戻る (git revert)
• 特定のコミットのファイルと今のインスタンスのファイルを比べる (git diff)
• ログを表示する (git log)
• クローンする (git clone)
• リモートブランチの場所を確認する (git remote -v)
• SSHの設定 (リモートブランチへのアクセスにsshが必要な場合)

がGUIでサポートされているのなら全然問題ないと思います。

第一に、もしgitで質問者さんがリスト+上にリストした物以上の操作が必要になった場合、それはgitの理解の問題ではなく質問者さんのソースコードに対する理解や開発グループ、ソフトの設計の問題です(急な仕様変更や、初期から放置されていた致命的なバグ、マージのルールの曖昧さ、不安定なリモートサーバーなど)。

蛇足

私はGUIを使わないのですが、その唯一の理由が"キーボードから手を離してマウスを使うのがめんどくさい"からです。で、GUIの使い方がわからんので、後輩に教えられないという事がたまにあります。まぁうちがモダンか？といえば曖昧ですが、gitを使わないのは論外ですが、gitをつかっていればGUIであろうがCUIであろうが、しっかりバージョン管理がなされている事が重要なのだと考えます。

ただし、CUIのみにしか対応していない状況がままあります。その時はgitのコマンドを学ぶ(覚えるとはあえて書かない)必要がありますが、下記のチートシートみたいなのをみながらやれば、やってるうちに覚えますのでその時まで特に学ぶ必要もないでしょう。

Gitのバージョン管理の仕組みや流れといった全体像を理解

そのためにはCUIのほうが適していると思います。
gitのCUIコマンドは、基本的に「どのような結果を得たいか」ではなく「どのような操作をしたいか」を指示するコマンド体系になっています。

一例をあげるとgit checkout HEAD 《file》とかでしょうかね。これは「作業コピーの《file》の変更を取り消す」という結果を得たいときに打つコマンドですが、「レポジトリのHEADコミットから《file》を取得して作業コピーを上書きする」という操作を指示しています。
GUIクライアントだと、これが分かりやすく「作業コピーの変更を取り消す」のように翻訳されていますが、そのせいでgitが具体的に何をやっているかを把握しづらくなっていることが多いと思います。
(特にステージング関係は分かりづらいと思います)

上記のような理由で、gitの概念を理解したいならCUIクライアントの操作を覚える……というより、CUIクライアントがどのような指示を出してバージョン管理を実現しているかを理解するほうがよいと思います。

先の方々の回答が非常に素晴らしく、
私がお伝えできるような情報は殆ど皆無なのです、が
「コマンド練習時に約に立つかもしれない」情報を提供します。
(質問に対する直接的な回答ではなく大変恐縮ですが…)

もし「手軽にコマンドの練習をしてみたい」や「取っ掛かりがあると良いな」
というような場合にお勧めのWebアプリケーションを紹介します。

「ブラウザ上で基本的なコマンド一通りが擬似的に実行」でき、
「コマンド実行と連動したイメージ図を確認」したり
逆に「イメージ図から操作してコマンドを確認」できるので便利です。