cellramger count を使ったマッピング

cellrengerでシングル細胞の発現解析を行っている方にアドバイスを求めます。

シングル細胞RNA-seqを行った結果をcellranger mkfastqでfastqにした状態のファイルを納品してもらいました。

このfastqをcellrenger countのコマンドでマッピング及び一次解析を行ったのですが、
生成された　outs/　内にはネットのチュートリアルの通り

├── analysis
├── cloupe.cloupe
├── filtered_feature_bc_matrix
├── filtered_feature_bc_matrix.h5
├── metrics_summary.csv
├── molecule_info.h5
├── possorted_genome_bam.bam
├── possorted_genome_bam.bam.bai
├── raw_feature_bc_matrix
├── raw_feature_bc_matrix.h5
└── web_summary.html

のファイルがありましたが、

├── molecule_info.h5
├── possorted_genome_bam.bam

以外の物は全て0バイト、つまり中身がありませんでした。

これってcellrenger countを使う際一次解析するためには他のプログラムが必要ってことですか？それとも何かのオプションを起動させる必要があったのですか？

詳しい方ご回答宜しくお願い致します。