aタグとLinkの違いについて

HTMLの<link>タグは全く異なる役割を持つタグです.
何のフレームワークにおける話なのか明記してください.

あえて先頭を大文字にした Link と記載していることから鑑みると、React Router の Link と HTML の aタグ を比較していると予想します。
その前提が正しければ、 ベストプラクティスとしては認識はあっていると思います。

ただし、aタグには内部URLを指定できるし、Linkには外部URLを指定できるはずです。つまり、指定先が(内部のみ、外部のみ、のように)制限されているわけではありません。