エクスプローラーからは通常見れないフォルダ・ファイルを作る方法をご紹介します。

Windowsには、「隠しファイル」というものが存在しますが、
さらにその上をいく、「システム隠しファイル」を作ることができます。
ちなみに、これより上はWindows8.1現在、存在しません。

ディレクトリとファイルの属性に、

System.IO.FileAttributes.Hiddenと
System.IO.FileAttributes.System

を追加してやります。
以下、gistに貼ってあります。
https://gist.github.com/Koki-Shimizu/86b1dab64b6cf319658a

Program.cs

using System.IO;
namespace HiddenFolderMaker
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            var path = @"C:\temp\hidden2\";

            Directory.CreateDirectory(path);

            var directoryInfo = new DirectoryInfo(path);
            directoryInfo.Attributes |= System.IO.FileAttributes.Hidden;
            directoryInfo.Attributes |= System.IO.FileAttributes.System;

            var filepath = Path.Combine(path, "naisyo.txt");

            File.CreateText(filepath);

            var file_attr = File.GetAttributes(filepath);

            File.SetAttributes(filepath,file_attr | FileAttributes.Hidden);
            File.SetAttributes(filepath, file_attr | FileAttributes.System);
        }
    }
}

こうするとエクスプローラーのオプション設定にて、

　ファイルとフォルダーの表示にて、
「隠しファイル、隠しフォルダー、および隠しドライブを表示する」を選択します。
続いて、
「保護されたオペレーション　システム　ファイルを表示しない（推奨）」のチェックを外し、適用を行います。

そうすると、やっと隠し状態で見れます。

ちなみに、結局上記オプションを設定すれば見れちゃうじゃないか、と思われるかも知れませんが、イタチごっこになっちゃいますので、これ以上のレベルは追加しないようです。