NAVERまとめやGeoCitiesのウェブアーカイブは誰が行っていたのでしょうか？

完全に自動だと思いますよ。

ウェブをクロールし、一般にアクセスできるWorld Wide Webページの全て、Gopherヒエラルキー、ネットニュース(Usenet)掲示板システム、ダウンロード可能なソフトウェアを収集するために開発されたソフトウェアが「クローラー」である[13]。「クローラー」によって収集された情報はインターネット上にある情報が全て含まれているわけではなく公開者によって制限されているかアクセスできないデータベースに保存されているデータがある。部分的にキャッシュされたウェブサイトの矛盾を解決するために、2005年にインターネットアーカイブがArchive-It.orgという機関やコンテンツ制作者がデジタルコンテンツコレクションを収集して保存しデジタルアーカイブを作成するシステムを開発した[14]。

これとは異なり、人間のアクションで保存しているのはいわゆるweb魚拓と呼ばれるものです。
https://ja.wikipedia.org/wiki/ウェブ魚拓

Naverまとめ

こちらのページに9/22付のアーカイブがあるので記載されてる3名の方々がアーカイブしたのでしょう

GeoCitiesJapan

こちらの記事でプロジェクトリーダーの方々の名前が出ています。国内ではこちらで活動されている方もいました。恐らく彼らがアーカイブしたのでしょう。

全サイトをクローラが自動で収集するのは無理があるように思うので、サイトアドレスを用意するところはたぶん人の手でやっているのではないかなぁと。クローラについてはこちらに記事がありますので参考に。