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pydicomで圧縮されたDICOM画像を見る

Last updated at Posted at 2021-01-24

#目的
圧縮されたDICOM画像をpydicomで読み込み表示させる.
普通にpydicomで圧縮されたDICOM画像を読み込もうとすると,以下のようなエラーを吐いたので参考までに.

エラーに対する解決方法を書きましたが読むのが面倒くさい方は,面倒な人向け環境に載っているものと同じバージョンのライブラリをインポートして完成版でコンパイルしてみてください.

#環境
・Windows 10
・Visual Studio Code

・pip 21.0
・numpy 1.19.5
・matplotlib 3.3.1
・Pillow 7.2.0
・opencv-python 4.4.0.42
・pydicom 2.1.2
・pylibjpeg 1.1.1
・pylibjpeg-libjpeg 1.1.0
・pylibjpeg-openjpeg 1.0.1

注意事項
Macでも同じことをしようとしましたが,gdcmがインポートできませんでした.
調べたら他に方法があるかもしれないので,見つけた方はぜひ教えて下さい.

#エラー内容

**1つ目のエラー**
`RuntimeError: The following handlers are available to decode the pixel data however they are missing required dependencies: GDCM (req. GDCM)`

コマンドプロンプトでpip install gdcmをインポートで解決

**2つ目のエラー**
`RuntimeError(msg + ', '.join(pkg_msg))`

コマンドプロンプトでpip install pylibjpegをインポートで解決

**3つ目のエラー**
`ImportError: DLL load failed: 指定されたモジュールが見つかりません。`

コマンドプロンプトでpip install pylibjpegをインポートしてコンパイルしたところ3つ目のエラーが...
いろいろ調べて試した結果,pydicomのバージョンをアップデートしたところ直りました.

コマンドプロンプトでpip install -U pydicomを入力
私の場合,pydicom-2.0.0 → pydicom-2.1.2にバージョンアップしました.

もう一度,コンパイル.
ここで,pylibjpeg-libjpegのモジュールが無いと言われたら,コマンドプロンプトでpip install pylibjpeg-libjpegを入力し,もう一度コンパイル.

これで無事,画像が表示されました!

#面倒な人向け
コマンドプロンプトでとりあえず以下を入力しておく.
1.pip install pydicom
2.pip install numpy
3.pip install matplotlib
4.pip install gdcm
5.pip install pylibjpeg
6.pip install pylibjpeg-libjpeg
7.pip install Pillow
8.pip install opencv-python

#完成版

import pydicom
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
import pylibjpeg

path = "パスを入力"
compressed_Data = pydicom.read_file(path)

#表示
plt.imshow(compressed_Data.pixel_array, cmap = "gray")
plt.show()
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