【事象】
PySimpleGUIでウィンドウを表示するプログラムをPyInstallerでexe化しました。
そのexeを実行したあと、ウィンドウを閉じても
タスクマネージャーにプロセスが残ります。

なお、このプログラムはスレッド処理を使用しています。

【解決方法】
ウィンドウクローズを検知したあと、
メインスレッド以外のスレッドを明示的に終了させます。

for thread in threading.enumerate():
    if thread != threading.main_thread():
      ctypes.pythonapi.PyThreadState_SetAsyncExc(thread.native_id, ctypes.py_object(SystemExit))

参考サイト
https://zenn.dev/bluesilvercat/articles/c492339d1cd20c