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RHmmをインストールする

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もうCRANからは手に入らないっぽい

というわけでアーカイブから最新版をダウンロードして、それをインストールしましょう。

ちなみに、僕はMacのOSX10, Yosemiteで作業しています。

http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/RHmm/

2013年4月が最終版になっているようですね。

ダウンロードしたら、Rを開いて、

install.packages("ダウンロードしたtar.gzファイルのパス", repos = NULL, type = "source")

これでRHmmを使えます。

ちなみに、僕は下記のエラーが出ました

ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2'

ld: library not found for -lquadmath
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)
make: *** [RHmm.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘RHmm’

下記のサイトを参考にして解決しました。

gfortranのバージョンが古いとかなんとからしいです

http://www.thecoatlessprofessor.com/programming/rcpp-rcpparmadillo-and-os-x-mavericks-lgfortran-and-lquadmath-error

以下の2行をターミナルで実行すればOK

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2

sudo tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

あと、library(RHmm)で使おうと思ったらMASSとnlme`が入っていないよと怒られたので、これら2つのライブラリも追加してやりました

install.packages('MASS')

install.packages('nlme')