hoge/index.html

<html>
<head>
  <title>TestPage</title>
</head>
<body>
  <script>
    (function(d, s){
      var js, fjs = d.getElementsByTagName(s)[0];
      js = d.createElement(s);
      js.src = "./app.js";
      fjs.parentNode.insertBefore(js, fjs);
    }(document, 'script'));
  </script>
</body>
</html>

hoge/app.js

// お好きな処理をJSでどうぞ

こういったものを用意し、
ウェブページオーナーに script タグを貼り付けてもらうだけで、
そのページにアクセスしたユーザーに app.js の中にあるJSスクリプトを実行させることができます。

js.src = "./app.js"; の部分には、
任意の呼び出したいスクリプトを指定することができます。
外部サーバーにあるファイルの場合は、
https://www.google-analytics.com/analytics.js のように指定することも可能です。
※ 上記URLはGAのもの

呼び出し先のスクリプトなどには uglify などを使って難読化をしておくとよいかもしれません。