pod install でいつものごとくライブラリをインストールすると下記のような警告がでました。

[!] The `Hoge [Debug]` target overrides the `ALWAYS_EMBED_SWIFT_STANDARD_LIBRARIES` build setting defined in `Pods/Target Support Files/Pods-Hoge/Pods-Hoge.debug.xcconfig'. This can lead to problems with the CocoaPods installation
    - Use the `$(inherited)` flag, or
    - Remove the build settings from the target.

警告文を見てみると、どうやら Target で指定してある ALWAYS_EMBED_SWIFT_STANDARD_LIBRARIES が Pods-Hoge.debug.xcconfig(Pods) で設定した値を上書きするので、うまくインストールできなかもしれないとのこと。

解決方法

Target > Build Settings > ALWAYS_EMBED_SWIFT_STANDARD_LIBRARIES を選択して Delete をクリックして設定を削除します。再度 pod install すると問題なく、インストールが完了します。

CocoaPods で対応されているもので、Xcode 8 以降で、空の Framework が含まれる問題を解決するためのようです。ライブラリ単位でこの警告がでているのかは不明なので、詳細がわかり次第追記したいと思います。