はじめに

PubChemは代表的な化合物データベースです。
ここでは、PythonでPubChemのデータを検索する方法を解説します。

化合物IDや化合物名を検索

化合物名で検索し、検索結果として得られたレコードのCIDやIUPAC名を取得したい場合は、get_compoundsメソッドが使えます。

import pubchempy as pcp


glycine_pubchem = pcp.get_compounds('glycine', 'name')
result = {}

for record in glycine_pubchem:
    result[record.cid] = record.iupac_name

print(result)

上の例では、辞書resultのキーにCIDが、値としてIUPA名が格納されます。

物性値や構造情報を取得

分子量やCanonical SMILESなどの情報を取得したい場合には、get_propertiesメソッドが使えます。

import pubchempy as pcp


target_properties = ['MolecularFormula', 'MolecularWeight', 'CanonicalSMILES']
result = pcp.get_prpperties(target_properties, 'glycine', 'name')

print(result)

上の例では、取得したい物性情報をリストとして、get_propertiesメソッドに渡しています。

まとめ

ここでは、PythonでPubChemのデータにアクセスする方法について解説しました。
PubChemPyを使えば、PubChemに格納されている情報を簡単に利用することができます。
ケモインフォマティクスに不可欠なツールなので、是非使えるようになっておきましょう。

参考資料・リンク

ケモインフォマティクスは製薬企業でどう役立つ？どんな知識が必要？