結論

google-chrome --app=chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

雑記

Linux環境でLINEを開く場合、

のような2度手間が発生していました。

各コマンドについて

google-chrome: KDEのQuickLaunch等のアイコンに適用する場合はwhich chromeとかで実パスを調べましょう
私の環境では/usr/bin/google-chrome-betaでした。
--app=: このオプションでURLバーとかが消えます。新規ウィンドウで開かれます。
chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html: LINE Extensionの実体は32文字のIDで、これは拡張機能の詳細画面で確認できます。
また、index.htmlはすべてのアプリで同じではなく、拡張機能の種類によってhome.htmlとかapp.htmlとか様々です。

他にも

google-chrome chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

例) 新規ウィンドウで開く(URLバーとか付き。普通のリンクと同じ扱い):

google-chrome --new-window chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html

例) アプリっぽく開く(URLバーとかなし):

google-chrome --app-id=chrome-extension://ophjlpahpchlmihnnnihgmmeilfjmjjc/index.html