Commons IOの中で、私が便利だと感じたメソッドを紹介します。
FileUtils
copyInputStreamToFile
InputStreamをファイルへそのままコピーします。
ファイルアップロード処理で使用しました。
import org.directwebremoting.io.FileTransfer;
FileTransfer fileTransfer; //クライアントから渡されたファイル（input[type="file"]要素)
InputStream is = fileTransfer.getInputStream();
FileUtils.copyInputStreamToFile(is, new File("/tmp/file.txt");
2.5からはcopyToFileメソッドも利用できます。
違いは、コピー元のInputStreamがcloseされるか否か。
copyInputStreamToFileはcloseされますが、copyToFileはopenのままです。
ZipInputStreamを使うときに役立つそうですが、その理由は分かりませんでした。
ただ、2.5はまだダウンロードできないので、気にする必要はないでしょう。