phpやapacheが入れ替わっていたので全部設定してphpmyadminも表示されてはいるもののログインで#2002エラーとなっていた。
コンソールではログインできていたので原因がよくわからなかったが以下の対応でログインできるようになった。他のPCでも対応必要なのでメモ。
$ sudo mkdir /var/mysql
$ sudo ln -s /tmp/mysql.sock /var/mysql/mysql.sock
参考:
http://coolestguidesontheplanet.com/get-apache-mysql-php-phpmyadmin-working-osx-10-10-yosemite/