graph-toolでcsv形式のリンクリストを読み込む

やりたいこと

graph-toolで以下のようなリンクリスト(source,dest,weight)形式のファイルを読み込むことを考える。

link_list.csv

Alice,Bob,2
Bob,Charlie,5
Charlie,Alice,3

コード

このファイルをgrpah-toolで読み込むには以下のようにcsvモジュールを使ってパースする。

load_csv_link_list.py

import csv
import graph_tool.all as gt

nodes = set()
rows = []

with open('link_list.csv') as f:
    reader = csv.reader(f)
    rows = [row for row in reader]

for row in rows:
    nodes.add(row[0])
    nodes.add(row[1])

nodes = list(nodes)
g = gt.Graph()
g.vp['name'] = g.new_vp('string')

for n in nodes:
    v = g.add_vertex()
    g.vp['name'][v] = n

# set edges
g.ep['weight'] = g.new_ep('double')

for row in rows:
    s = nodes.index(row[0])
    t = nodes.index(row[1])
    w = float(row[2])
    vs = g.vertex(s)     # => get vertex object from the index
    vt = g.vertex(t)
    e = g.add_edge(vs, vt)
    g.ep['weight'][e] = w

やっていることは以下の通り

• まずはcsvファイルの内容全てを読み込んでしまい、ノードの一覧nodesを作る
  • ユニークな物だけを取り出したいので、setに格納し、その後listに変換している
• ノード名はgraph に文字列の vertex_property name を作成して g.vp['name'] = g.new_vp('string') 格納している
  • g.vpはノードに対する属性(vertex_property)を保持している
• エッジの重みは浮動小数点型 edge_property weight を作成して、格納している

グラフを可視化してみるとこのようになる。

結果

ちなみにこのグラフを可視化した結果はこのようになる。

pos = gt.arf_layout(g)
gt.graph_draw(g, pos=pos, vertex_text=g.vp.name, vertex_font_size=10)