Emacsを使うと、GnuPGを用いてファイルを簡単に暗号化できます。拡張子を .gpg （例えば、 test.gpg ）にして保存すれば、パスフレーズを聞かれ、暗号化されます1。
また、 plstore というライブラリがあり2、様々な場面でパスワードやアクセストークン等の秘密情報の保存に利用されます。
これらのGnuPGで暗号化する際、当然、パスフレーズを聞かれます。このパスフレーズをEmacsのミニバッファで入力できるようにしておくと便利です。
(setq epg-pinentry-mode 'loopback)
もともとはUbuntuでパスフレーズを入力する際にとても時間がかかるようになった問題3を解決しようとして、この設定にたどり着いたのですが、結果としてとても快適になりました。
Footnotes
1 Emacs (EasyPG) で秘密のメモを書く — ykrods note