症状

git add -pなどして「partially staged」した状態からgit commit経由でlint-stagedをすると、エラーになった。lint-stagedのバージョンは9.2.3で確認

$ git commit
husky > pre-commit (node v11.13.0)
Stashing changes... [started]
Stashing changes... [completed]
Running tasks... [started]
Running tasks for *.js [started]
eslint --fix [started]
eslint --fix [completed]
git add [started]
git add [completed]
Running tasks for *.js [completed]
Running tasks... [completed]
Updating stash... [started]
Updating stash... [completed]
Restoring local changes... [started]
Restoring local changes... [failed]
→ Command failed with exit code 128 (Unknown system error -128): git checkout-index -a
Command failed with exit code 128 (Unknown system error -128): git checkout-index -af
husky > pre-commit hook failed (add --no-verify to bypass)

これが起こると、lintが異常終了していて以下の状態になる。

add -pして分け分けしたdiffを持つファイルが全部add状態になる
一部のファイルがworkdirからなくなる (たまたま作業中のファイルに当たると悲惨?)

原因と解決策

別端末で自動ファイル更新検知と再ビルドが走っていると、それと競合することが原因の模様。npm run serve経由で開発用httpサーバーを動かしていた。

解決策はシンプルに開発用httpサーバーを都度止めてgit操作をする。ちょっと面倒だがとりあえずデータロストの心配はなくなる。

参考 & 解決策ではなかったもの

そもそもpartially stagedなdiffをlint-stagedが扱えるようになったのはver.8以降。その基本アリゴリズムはこちらの通り。
partially stagedなdiffとlint-stagedの組み合わせに関するバグがlint-staged@9.5.0で修正されているそうなので、それにアップデートしてみたが、本投稿の件は解決しなかった。よく見るとエラーメッセージが違う。ちなみにこのバグは本投稿の事象のエラーメッセージ中のgit checkout-index -afで検索をかけて発見した。
エラーメッセージ中には--no-verifyしろと書いてあるが、それをやると当然lintが通らないので回避は可能だが解決策にはならない。