私自身が修士論文を書いているときに起こった問題なのですが、プロジェクトが重くなりすぎてコンパイルが通らなくなってしまいました。
有料版にするという解決策もあると思いますが今回は無料版でなんとか解決します。
手順としては以下の通りです。
1. コンパイルモード「Fast(draft)」でコンパイル
2. コンパイルモードを「Normal」に戻してコンパイル
一回Fastのコンパイル（画像を表示しないモード）を挟む二段階のコンパイルにするとコンパイル成功率が大幅に上がりました。
綺麗なやり方ではありませんがお試しください。