boostを導入しOSに依存しないオプションを使えるようになりました。
凄く小さいところでハマったのでメモします。

ハマリポイント

失敗例

$ ./src/main --help
Allowed options:
  -  [ --help ]         produce help message
  -  [ --greet ] arg    hi

成功例

$ ./src/main --help
Allowed options:
  -a [ --help ]         produce help message
  -b [ --greet ] arg    hi

何が違うのかパット見わからないと思いますが、短いオプション名が消えてしまっています。

原因

add_options()する際に、短いオプション名の前に空白を入れてしまっていたことでした。すなわち、

誤: ("help, a", "produce help message")
　　　　　↓
正: ("help,a", "produce help message")

最終的なソースファイルが以下になります。

# include <iostream>
# include <boost/program_options.hpp>

namespace po = boost::program_options;

int main(int argc, char* argv[]){
    po::options_description desc("Allowed options");
    desc.add_options()
        ("help,a", "produce help message")  // option名にスペースを入れない！
        ("greet,b", po::value<std::string>(), "hi")
    ;
    po::variables_map vm;
    po::store(po::parse_command_line(argc, argv, desc), vm);
    po::notify(vm);

    if (vm.count("help")) {
        std::cout << desc << std::endl;
        return 0;
    }
    return 0;
}