事象

% echo $SHELL
/bin/zsh
% echo -n M | base64
TQ==
% echo TQ== | base64 -d
M%

対応策①

ZshではなくBashで実行すると%が表示されなくなる。
（出力に改行が挿入されないので，見やすさのためデコードした後echoを入れています）

% bash

The default interactive shell is now zsh.
To update your account to use zsh, please run `chsh -s /bin/zsh`.
For more details, please visit https://support.apple.com/kb/HT208050.
bash-3.2$ echo TQ== | base64 -d && echo
M
bash-3.2$

対応策②

シェルを変えたくない場合は，コマンド置換を使ってもできる。
この場合は自動改行もされる。

% echo $SHELL
/bin/zsh
% echo $(echo TQ== | base64 -d)
M

# あるいは
% echo $(base64 -d <<< TQ==)
M

参考：linux - Base64 decoding has "%" at the end of the result sometimes. Is it the result supposed to be? Any solution to that? - Stack Overflow