いくつかの記事がpostされていますが、筆者の場合の解決法を。
(たぶん)この記事が該当するユーザー
Mountain LionからMavericksにアップデートしたユーザー。
brewアップデートの前に
$ brew tap homebrew/dupes
$ brew install libxml2 libxslt libiconv
$ brew link --force libxml2
$ brew link --force libxslt
その後brewアップデート
$ brew doctor
$ brew update
$ brew upgrade
特にbrew doctorに関しては
$ brew doctor
Your system is ready to brew.
となるまでちゃんとやっつけましょう。
Command Line Toolsのアップデート
これがキモだったようです。
https://developer.apple.com/downloads/index.action#
でCommand Line Tools (OS X 10.9) for Xcode - Xcode 6.1.1を入れましょう。
最後に
$ sudo gem install nokogiri
Building native extensions. This could take a while...
Successfully installed nokogiri-1.6.6.2
Parsing documentation for nokogiri-1.6.6.2
Installing ri documentation for nokogiri-1.6.6.2
Done installing documentation for nokogiri after 4 seconds
1 gem installed
見事に入ってくれました。